JAS-39由鴨型翼（前翼）與三角翼組合而成近距耦合鴨式布局，繼承了Saab37戰斗機維京戰斗機的氣動型式，結構上廣泛采用復合材料，主翼為切緣襟翼和前緣鋸齒，全動前翼位于矩形涵道的兩側，無水平尾翼。機翼和前翼的前緣后掠角分別為45°和43°。該機能在所有高度上實現超音速飛行，并在短場起降上取得最大的效率。可收放前三點式的主起落架為單輪式，向前收入機艙；可轉向前起落架為雙輪式，向后旋轉90°平放入機身下部。機輪和輪胎有碳圓盤剎車及防滑裝置。采用帶有覆面層隔板的楔形涵道。機身內裝自封式主油箱和集油油箱，采用燃油綜合管理系統控制。